OO Colégio São Luís abrigou, por muitos anos, uma coleção de animais taxidermizados, vários equipamentos e vidrarias de laboratório antigos, de inestimável valor histórico. Partindo-se do pressuposto de que as exposições em museus apresentam um grande potencial educativo, em outubro de 2006, a então equipe de professores de Ciências e Biologia do Colégio São Luís teve a ideia de organizar um museu que se constituísse em um ambiente interativo, capaz de favorecer a realização de atividades de ensino- aprendizagem dinâmicas e variadas. A proposta era criar dois ambientes: o Museu da História das Ciências, contendo vidrarias e equipamentos antigos, e um Museu Biológico para abrigar os animais taxidermizados.

Em 2007 a diretoria do colégio aprovou a instalação dos museus na sede do Colégio São Luís, à Rua Haddock Lobo, e a artista plástica Beatriz Montobbio foi convidada a criar os dioramas, representações artísticas de ambientes naturais, para a inclusão dos referidos animais. A artista plástica Beatriz Montobbio e a professora de Ciências, Margarete Sevilha, realizaram um levantamento fotográfico do acervo de nosso Colégio e visitaram o Museu de Zoologia da USP para o início das pesquisas. Em outubro do mesmo ano, a Diretoria aprovou os primeiros esboços do diorama.

No final de outubro de 2007, juntou-se à equipe Liliana Cardinalli, responsável pela coordenação executiva do projeto. Em novembro do mesmo ano, lsnard Souza Rubim, também se juntou à equipe para realizar o trabalho de identificação e restauro dos animais e a montagem do diorama. Os professores Carlos Eduardo Garcia, Margarete da Penha Sevilha e Marcelo Suehara iniciaram o levantamento das informações sobre as espécies, a fim de fornecer subsídios para a execução do projeto.

O Museu funcionou no Colégio São Luís até o final de 2019, quando o colégio mudou de sede. Com a mudança, o acervo foi transferido para o Pateo do Collegio, outra obra apostólica da Companhia de Jesus. Hoje o acervo ocupa a Sala Athanasio Kircher de História Natural, integrada ao Museu Anchieta, com visitação aberta ao público geral.